Se inició en el año 1837 como parte del Ministerio de Justicia, Instrucción y Culto siendo su primer ministro Diego Portales. En esos años el ministerio se encargó de supervisar las instituciones educacionales tales como el Instituto Nacional General José Miguel Carrera y la Universidad de Chile. Desde 1887 se denominó Ministerio de Justicia e Instrucción Pública.
Recién en el año 1927 se creó el Ministerio de Educación Pública, separado del Ministerio de Justicia, pasando a ser su responsabilidad la educación primaria, la educación secundaria, la educación profesional, las bibliotecas, los archivos y los museos.
Durante el gobierno de Eduardo Frei Montalva se crean las instituciones dependientes de Ministerio de Educación: La Junta Nacional de Auxilio Escolar y Becas (JUNAEB), el Centro de Perfeccionamiento, Experimentación e Investigaciones Pedagógicas (CPEIP) y la Junta Nacional de Jardines Infantiles (JUNJI).
En 1990, la ley No. 18956 reorganiza esta cartera de Estado, que pasa a llamarse Ministerio de Educación.3
En 1992 se crea el proyecto Enlaces,4 el cual en 2005 pasa a ser un Centro de Educación y Tecnología.
En 1998, como parte de la reformas a la Educación Media, se crea la Unidad de Currículum y Evaluación.5
En 2009 se anuncia la creación de la Secretaría Ejecutiva de Educación Técnico Profesional.67
En 2011 se crea la Secretaría Ejecutiva de Primera Infancia, bajo la dirección de la Subsecretaría de Educación,8 cuyo objetivo es «coordinar de manera integral y a nivel nacional los esfuerzos realizados por la Junji, Integra y el Mineduc».9
Luego, en 2015 se potencia la importancia de la educación pre escolar con la creación de una subsecretaría para este sector, a través de la ley 20385.
Con la creación en 2018 del Ministerio de Ciencia, se traspasa la Comisión Nacional de Investigación Científica y Tecnológica (CONICYT) a dicho ministerio.
